Река Джилинда течёт по плато базальтов мощностью более 300 м, для него характерен высокий гипсометрический уровень (более 1000 м над уровнем моря). Река сформировалась в пределах тектонического разлома, который имеет вид мелких зон дробления и подвижек. Период формирования неоген-четвертичный. Долина Большого Амалата затапливалась лавой, в застывших языках базальта река проточила русло. Недалеко от устья русло Джилинды входит в проницаемые породы, по которым глубинные тёплые воды выходят на поверхность (образуются так называемые тальцы). Кроме того, не исключается наличие горячих глубинных источников.