Урочище Мадыген находится в северных предгорьях Туркестанского хребта, которые представляют собой пестроцветные обнажения разного геологического возраста, переполненные гипсом и углем. Местность подвержена сильным эрозионным процессам, имеет расчленённый рельеф и чрезвычайно засушлива. Источники воды — немногочисленные солёные "ручьи". Флористическое разнообразие относительно невелико, но представлено рядом замечательных форм, присущих только ферганским пестроцветам — Sisymbrium isfarense, Linaria kokanica, Tanacetopsis santoana, Arnebia obovata, Jurinea pteroclada, Mogoltavia sewerzowii, Bolbosaponaria sewerzowii, Bolbosaponaria intricata. Однако, такой характерный вид, как Zygophyllum ferganense, по видимому, там редок и мной не отмечен.
Высоты в урочище небольшие -1000-1600 м.н.у.м.