Река Каттамарджанай находится в Северо-Аличурском хребте и впадает в Марджанайский залив Сарезского озера. Долина реки представляет собой скалистое ущелье с многочисленными крупноглыбовыми осыпями, завалами и селевыми выносами крупнообломочного материала, которое к устью значительно расширяется. Абсолютные высоты, примыкающих к ущелью пиков, достигают более 5000 м. н.у.м. Местность представляет собой высокогорную пустыню с преобладанием подушечных форм растительности. В пойме реки растут полынь, злаки, многочисленны кустики Farinopsis salesoviana. После образования Сарезского озера в долине на протяжении более ста лет не выпасался скот и травостой не нарушен.