Остров Атласова в плане почти правильной круглой формы с диаметром около 14 км и с окружностью по подошве около 42,5 км. Площадь 124,0 км2. Берега почти не расчленены. Юго-западный берег крут и утесист; северный и западный берега низкие, песчаные, отмелые. Атласова — типичный вулкан. С запада остров имеет вид сахарной головы. Северный склон острова круче южного. Центральная возвышенность острова — вулкан Алаид(Оякоба) пиком Хитам на восточном краю поднимается до 2334 м; а на западном берегу пиком Нисиива — до 2289 м, т. е. до наибольших высот на всех островах гряды. На склонах типичного вулкана Алаид возвышается несколько паразитических конусов: на северо-востоке Гото, Мицуто, на юго-востоке Мару, Сурибачи и другие от 49 до 315 м высотой.
Остров сложен вулканическими горными породами. В XVIII в. он беспрерывно курился и по временам извергал пламя. Сильное извержение в 1778 г. сорвало острый верх вулкана, придав ему форму усеченного конуса. С тех пор вулкан не проявляет признаков большой активности, но он несомненно не потух и временами дымится. В 1934 г. в 20 км от восточного берега острова поднялся небольшой вулканический островок, который можно рассматривать как паразитический конус подводного склона горы Оякоба. Подобные образования имеются у северного берега острова (скала Эбоси) и в виде подводного «камня» — к северо-северо-западу от мыса Лава. Во время извержения по юго-восточному склону вулкана до уровня моря из кратера спустился мощный поток лавы, образовавший плоский мыс Лава.
Во флоре острова насчитывается 248 видов, относящихся к 149 родам и 51 семейству, что составляет ~ 18 % от видового состава флоры Курильских островов. Заносный элемент представлен только 10 видами, что объясняется слабой хозяйственной освоенностью острова. На острове хорошо выражена вертикальная зональность растительности. Самые верхние точки острова от вершины до 500-800 м представляют собой каменистые осыпи с редко разбросанными представителями цветковых растений: остролодка, полынь северная, камнеломка Мерка и пр. Ниже этого пояса располагаются альпийские луга, на северной и восточной сторонах, достигающие 500-700 м над уровнем моря, на западной и южной — выше 800 м.