Город расположен на реке Истре, левом притоке Москвы-реки, в 40 км к северо-западу от Москвы, в живописной местности. На территории района (городского округа) довольно широко развита овражно-балочная сеть. Территория обладает значительным запасом водных и лесных рекреационных ресурсов, хотя из-за увеличившейся антропогенной нагрузки в связи с возросшим коттеджным строительством в настоящее время природный ландшафт практически исчерпал свои возможности к самовосстановлению.
Сам город известен с XVI века, вначале – как село Сафатово. В 1589 году село переименовано в Воскресенское – по церкви Воскресения Господня. В 1656 году Воскресенское с тремя прилегающими деревнями выкупил патриарх Никон. В 1781 году село было преобразовано в уездный город Воскресенск, с 1796 года – заштатный город, с 1930 года переименован в город Истра.
Основой жизни города в дореволюционное время и главной достопримечательностью в настоящее является Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный мужской монастырь.
Монастырь основан в 1656 году патриархом Никоном, по замыслу которого под Москвой должен был быть воссоздан комплекс святых мест Палестины.
Топография, топонимика, церковные сооружения монастыря и окружающей территории, простиравшейся на несколько десятков километров, создавали образ Святой Земли и воспроизводили главные христианские святыни Палестины. Монастырь был заложен на расположенном в центре этой территории холме, получившем название Сион. Главный собор построен по подобию Храма Гроба Господня в Иерусалиме. Ближайшие холмы получили названия Елеон, Фавор и Голгофа, а селения — Вифлеем, Назарет, Галилея, Капернаум. Река Истра получила имя Иордан; ручей, обтекающий монастырский холм, — Кедронский поток; парковая зона вокруг – Гефсиманский сад.
В 1919 г. монастырь был закрыт, на его территории создан историко-краеведческий музей «Новый Иерусалим», святые места были частью уничтожены, частью до неузнаваемости изменены.
Во время трехнедельной немецкой оккупации в 1941 г. музей был разграблен, а монастырские постройки взорваны.
Реставрационные работы велись с 1947 года. В 1970-х годах в парковой зоне создан архитектурно-этнографический музей. С 1994 начался процесс передачи сооружений монастыря РПЦ, и с этого времени музей сосуществует с возрождённым монастырём.
В 2014 году музей переехал в новое здание, построенное в непосредственной близости от монастыря на противоположном правом берегу Истры. Необычное здание построено в стилистике «зелёной архитектуры», в нём более 10 000 квадратных метров выставочных площадей. В настоящее время – это крупнейший музейно-выставочный комплекс в России.
В 1885 году художник Левитан, наслышанный от Чехова о красоте здешних мест, приезжал на этюды. По словам Антона Павловича, Левитан «чуть не сошел с ума от восторга». Истринские мотивы присутствуют в картинах Левитана: «Река Истра», «К вечеру», «На тяге», «Березовая роща», «Золотая осень», «Деревня Максимовка», «Пейзаж».