Произрастал примерно там же, где и этот, но у меня возникло сомнение, что вид один и тот же

Думаю, всё верно.

Мне показалось, тут листья шершавые и слегка опушённые (а там гладкие и блестящие), а ещё смутило, что и там и там густо опушённый цветонос, тогда как по ключам Scrophularia ruprechtii должен быть полностью голым...

Цветоножки и должны быть железистоопушенными. А вот чашелистики -голые должны быть , и листья. Но ничего более подходящего вроде нет. Может после обработки Норичниковых в Конспекте Флоры Кавказа появится что-то новое? Описание вида из Флоры СССР добавила на страничку вида, почитайте. Там много очень размеров.

Я имел в виду не цветоножки (которые 3-6 мм), а общий стебель, от которого эти цветоножки отходят. Но даже у тех ruprechtii, что в базе, он густо опушённый. Тоже не нашел ничего более подходящего...

Других вариантов нет, но, если учесть, что близкий S. olympica по этому признаку варьирует (есть лысые и опушенные формы), то можно предположить, что и здесь допустима изменчивость. Можно конечно еще попробовать задать этот вопрос Марии Шелудяковой, вдруг она что-то знает.