Государственный природный заказник «Ярославский» находится на западном берегу Костромского водохранилища, в низовьях рек Соть, Касть и Вопша. Его площадь – свыше 14 тыс. га (из них на долю лесного фонда приходится более 8,5 тыс. га).
Заказник располагается на низменной равнине, которая образована древней поймой Волги и осложнена поймами низовий её притоков. Абсолютная высота от 87 м (по краю низины) до 110 м (в центре). Рельеф в основном ровный и плоский, имеются вкрапления прирусловых валов, стариц и котловин пойменных озёр.
Климат – умеренно-континентальный. Среднегодовая температура +2,9 °С, средняя температура июля +15,2 °С, средняя температура января −11,4 °С. Среднегодовое количество осадков — 593 мм. Продолжительность вегетационного периода 150 дней, снеговой покров лежит 150–160 дней.
Почвенный покров представлен сочетаниями дерново-глеевых и торфяно-глеевых почв, а также аллювиальных зернистых глеевых почв (вблизи русел рек).
На территории заказника преобладают закустаренное мелколесье, низинные сенокосы, заросшие ивами и серой ольхой, мелколиственные сухие и сырые леса (берёза, осина, ольха серая, ивы, незначительная примесь ели), заросли водно-болотных растений. По берегам рек встречаются дуб, липа, ольха чёрная.
Населённые пункты внутри заказника отсутствуют, но по северной границе расположены два десятка сёл и деревень.