Пещера Кон-и-Гут имеет карстовую природу и находится в гряде известняков, имеющих скалистый, сильно расчленённый рельеф. Местность представляет собой сухой каменистый сай, обрамлённый скалами с чрезвычайно острыми поверхностями, на которых растут главным образом приземистые и корявые кустики Spiraea trilobata, Convolvulus spinifer и Rhamnus songorica. Вокруг пещеры много отвалов породы с рудеральной растительностью. Также сорный характер растительность имеет и у входа в пещеру. Местность, как и сама пещера, безводны.